Ich zitiere einfach mal Nico's Beitrag im github

Es gibt einen schwerwiegenden Hyper-Threading Bug in Intel Skylake und Kaby Lake Prozessoren, der (in diesem Fall) mit einem Update des intel-microcodes behoben werden kann.

Bestehende Installationen sollten unbedingt zeitnah wie folgt aktualisiert werden:
aptitude update && aptitude -t jessie-backports install intel-microcode

Weitere Details unter:
https://lists.debian.org/debian-devel/2017/06/msg00308.html

Nach den Update's einmal neugestartet und das Script ausgeführt. Sieht dann so aus.

root@nas:/home/frank# ./intel_bug.sh
cpu 0: Your CPU is affected, but your microcode is new enough
cpu 1: Your CPU is affected, but your microcode is new enough

Problem gelöst. Bedankt!